De mémoire d'homme, Nosgoth a, de tous temps, été patronnées par une oligarchie de 9 mages tirant leurs pouvoirs d'un édifice gigantesque dénommé très justement "les Piliers". Chacun de ces piliers est symbiotiquement lié, par un objet, à l'un de ces 9 mages surnommés "les protecteurs de l'espoir, gardiens du cercle des neufs" et matérialise l'un des principes suivants :

Les Piliers sont une manifestation du pouvoir mystérieux qui donne et préserve la vie. De fait, la santé du pays est directement lié à leur bon état.

Dès la naissance, chaque Gardien est marqué et choisi par le Pilier qu'il est destiné à servir pour le reste de son existence. En échange, les Gardiens jouissent d'une longévité et de pouvoirs phénoménaux. La mort de l'un des membres du Cercle est inévitablement suivie par la naissance de son successeur, que les autres Gardiens doivent trouver et éduquer.

L'histoire de Blood Omen débute avec la possession de Mortanius, gardien de la mort, par Hash'Ak'Gik, une entité démoniaque cherchant à anéantir les Piliers. Celui-ci l'oblige à commettre le meurtre d'Ariel, gardienne du pilier de l'équilibre, dont les conséquences étaient finement calculées...
En effet, Nupraptor, gardien de l'esprit, plonge dans une douloureuse folie à la nouvelle de l'assassinat de son amante. Comprenant que seul un autre gardien ait pu réaliser ce méfait mais ne sachant pas lequel, il décide aveuglément de corrompre les esprits de tous ses autres confrères en répandant une onde psychique de folie à travers tout Nosgoth. Les gardiens touchés communiquent alors leurs folies aux Piliers qui réagissent en se délabrant, leur éclatante blancheur se teintant d'un gris parsemé de larges fissures.

C'est à ce moment précis que naît Kain, choisi par le Pilier de l'équilibre pour succéder à Ariel. Ainsi, avant même d'avoir pousser son premier cri, Kain est, lui aussi, infecté. Il grandit alors dans un monde agonisant et sa destinée, remplacer Ariel en tant que nouveau gardien de l’équilibre, ne lui ait pas révélée, les autres gardiens, déments, préférant utiliser leurs pouvoirs pour empoisonner le pays. Kain, jeune noble de Coorhagen, fait sa formation de chevalier auprès du roi Ottmar à Willendorf puissante Ville-État de Nosgoth qui domine une large part du pays. Sa formation achevée, il retourne dans sa ville natale quelque temps.

À l'annonce des débuts d'une épidémie de Peste, Kain part en voyage et fait une étape à Ziegstrühl, un petit bourg sans importance, afin d'y dormir... Ce qui lui est refusé par la seule auberge de la place. Il en ressort et est alors assassiné par une horde de brigands obéissant aux ordres secrets du nécromancien Mortanius. Celui-ci le ressuscite comme vampire à des fins personnelles : Il va utiliser sa soif de vengeance et ses nouveaux dons pour éliminer le cercle tout entier...

Kain, devenu un vampire, se venge de ses assassins, mais Mortanius lui apprend que l’ordonnateur de son assassina n’est autre que l’un des gardiens du Cercle. Arrivant aux colonnes, Ariel lui demande d'élimer les membres du cercle corrompus afin de soigner Nosgoth, sans lui préciser que lui aussi en est un… Kain, obéissant aux ordres d’Ariel, commence par tuer Nupraptor pour en finir avec l’aura de folie qu’il fait planer sur Nosgoth, puis restaure le pilier de l’esprit grâce à la tête du mentaliste (Chaque colonnes a besoin d’un objet portant la rune du gardien mort pour être restaurée).
Sa deuxième cible est Malek, le gardien du pilier du conflit. Malek n’est plus qu’une âme piégée dans son armure. En effet, 5 siècles auparavant, lors d'une précédente croisade contre les vampires où il était le dirigeant d'un ordre de prêtres-combattants appelés les séraphéens, il fut battu par un vampire nommé Vorador, lequel massacra en représaille du soutient du cercle six de ses gardiens. Comme punition pour l'échec du protecteur du Cercle, Mortanius, décida de le priver des plaisirs de la chair sans aucune possibilité de se suicider.

Lorsque Kain arrive au bastion de Malek, il découvre que celui-ci est invulnérable, Ariel lui commande alors de demander conseil à l’Oracle de Nosgoth qui se trouve dans les montagnes du nord. En fait, Moébius, le gardien du temps, s'est attribué ce titre et utilise sa renommé pour ses propres plans... Moébius donc, après des paroles détournées sur la guerre actuelle menée par la Némésis, une dangereuse faction dirigée par le roi Guillaume, lui apprend l’existence de Vorador et le guide pour aller le rejoindre et ainsi quémander de l'aide pour abattre son vieil ennemi.
Vorador habite dans les marais de Nosgoth une superbe maison remplie de tout le luxe possible pour un vampire... Lorsque Kain parvient enfin jusqu’au vieux vampire, celui-ci lui donne un anneau lui permettrant d’intervenir lorsque Kain en fera la demande, il lui recommande aussi de ne pas se mêler des affaires humaines...
Kain sort donc de la maison et rejoint Ariel qui lui commande de s’occuper du triumvirat : des gardiens ayant créé l’Éden Noir. Une terre corrompue, où toute espèce vivante subie d’incroyables mutations pour devenir monstrueuse. Kain pénètre dans leur château et après bien des épreuves parvient jusqu’aux trois gardiens. Ceux-ci appellent alors Malek à la rescousse, en réaction Kain utilise l'anneau de Vorador pour l'appeler et en finir avec Malek. Anarcroth, gardien des états, décide de s’échapper au déplaisir de Kain mais Bane, gardien de la Nature, et Dejoule, gardienne de l’énergie choisissent l'affrontement. À la fin, Kain rapporte les 3 objets des gardiens à Ariel et restaure les 3 piliers.

Ariel commande alors de s’occuper d’Azimuth, la gardienne de la Dimension, installée dans la cathédrale d’Abernus. Azimtuh a libéré des démons d’une autre dimension et a causé ainsi la ruine de la ville. Kain arrive dans ce champs de morts et pénètre dans la cathédrale.
Dans les galeries les plus profondes, Il y découvre l’Éclateur d’âmes, une épée légendaire incroyablement puissante. C'est en fait Moébius qui a placé l'épée sur le chemin de Kain...
Mais ce n'est pas la seule découverte car Kain parvient aussi à entrer dans la chambre secrète du culte du démon Hash’ak’gik et de la chambre de torture de Mortanius, celle-là-même où Malek eut à subir sa punition.
Grâce à l'Éclateur d’âmes, il détruit facilement Azimuth. Il découvre que celle-ci disposait d'un appareil appartenant à Moébius et capable de remonter le temps... Il retourne alors restaurer son pilier.

Ariel commande alors d’aller demander de l'aide au Roi Ottmar, afin qu'il mène ses armées à la guerre contre la Némésis. Kain parvient à Willendorf et trouve dans la bibliothèque de la ville des informations sur le cercle. Il apprend que le Cercle est au service des Piliers, protecteur de l'étrange pouvoir qui donne vie à Nosgoth et qu’à la mort improbable de l'un de ses membres, le Cercle demeure brisé, le temps que les Piliers choisissent un digne successeur...
Kain découvre aussi un autre livre relatant l'existance du culte d’Hash’Ak’Gik et d’étranges histoires de possessions humaines auprès de ses membres...
Kain pénètre ensuite dans la forteresse et apprend que la fille du roi a été ensorcelée par Elzévir, le marionnettiste de Nosgoth. Pour cette raison, Ottmar se morfond et est incapable de prendre la moindre décision. S’il parvient à retrouver Elzévir et à retrouver l’objet qui retient la princesse dans le coma, Kain pourra alors demander ce qu’il veut au roi.
Kain retrouve Elzévir au cœur des terres détenues par la Némésis et le tue. Kain rapporte ensuite une poupée au roi permettant de restaurer l’âme de sa fille. Le Roi sous l’ordre de Kain lève alors son armée contre la Némésis. S’en suit la bataille, l’armée de l’espoir perd et Kain au cœur de la défaite utilise la dernière option qu'il lui reste : activer l'étrange appareil à remonter dans le temps qu’Azimuth avait volé à Moébius.

Il retourne 50 ans en arrière et décide alors d'assassiner le roi Guilaume Le Juste afin de changer le cours des évènements. S'aventurant dans les couloirs du palais, il assiste à une conversation entre Guillaume et l'oracle portant sur des livraisons d'armes aux origines inconnues...
L'oracle est donc à l'instigateur de toute l'histoire, responsable de la création de la redoutable Némésis. Mais la surprise ne s'arrête pas là car lors de son combat contre Guillaume, Kain s’aperçoit que son adversaire est, lui aussi, armé de l'Éclateur d'âmes.
Durant le combat, la version de l'épée de Guillaume finit par se briser car étant plus "jeune" elle est un peu moins puissante. Kain en profite pour tuer Guillaume et s'échapper. Il finit par découvrir un autre dispositif temporel... Kain n'est pas dupe et soupçonne avec raison une chausse-trape. Pourtant, il l'utilise l'appareil qui l'amène 50 ans dans le futur.

Kain atterrit alors dans un présent différent de celui qu’il avait quitté : Les gens ont exterminé les vampires, pour venger la mort de leur roi, devenu un martyr. Kain assiste à l’exécution de Vorador, et découvre qu’il est le dernier des vampires !
De plus, il s’aperçoit que l’Oracle et Moébius ne font qu’un ! Ainsi Moébius s’est servi de Kain pour exterminer les vampires. S’en suit un combat où Kain avant de s’occuper de Moébius, tue, semble-t-il, son alter-ego du futur ramené là par Moébius... Kain ayant fini, repart aux Piliers pour restaurer le Pilier du temps.

Kain arrive en pleine discussion entre Mortanius et Anarcroth qui tourne au combat à l’avantage de Mortanius. Kain apprend finalement que le responsable de son meurtre n’est autre que Mortanius. Kain, caché jusqu’à présent, se découvre et engage le combat contre Mortanius. Lorsque celui-ci perd, le corps de Mortanius se transforme en celui du démon Hash'Ak’gik, qui lui apprend que Kain a en fait servi ses projets : faire tomber les Piliers.
Kain détruit Hash’ak’gik (tout du moins physiquement). Ariel lui apprend alors sa véritable destinée : être son successeur. Ainsi, il doit donc se sacrifier pour rétablir l’équilibre. Kain refuse (agissant donc comme Hash'Ak'Gik l’avait prévu).
En réaction les Piliers s'effondrent, Kain prend alors le pouvoir et décide de régner sur ce monde perverti selon ses ambitions.